1964年鸡西煤矿卫生学校由辽宁阜新迁至鸡西与干部学校及鹤岗卫生学校重组建校，学校设教务一科和二科，教务二科中设有药剂教研组，药剂教研组即为药学院的前身。

1968年开始办药厂，1981年药厂停办。

1973年开始招收工农兵学员，学制2年。

1977年开始每年招生，有“小中专”和“大中专”之分。

1979年成立药学专业科，主管药剂专业教学和药厂工作。下设药剂、生药、中草药化学及药物化学四个教研组。

1992年开始招收成人药学专科，学制3年。

1994年5月，学校升格为鸡西煤炭医学高等专科学校。

1994年10月成立药学系。下设药剂学、生药、药物化学与天然药物化学和化学四个教研室，两个实验组。

1995年招收第一届药学专业（专科）学生，同时还设有中专层次的药剂和中药两个专业。

2000年9月，增设药物制剂专业（专科）并招收第一批学生，中专层次停止招生。

2001年9月，增设中药专业（专科）并招收第一届学生。

2001年9月开办医药营销专业，并招收第一届专科学生。

截止2003年药学系从小中专到大中专再到专科办学层次发生了巨大的变化，设有药学、中药学、药物制剂、医药营销四个专科层次。

2004年9月，药学系随学校迁到大庆市，迁入新落成的药学楼。

2005年获批第一个中药学本科专业当年招生42人。

2007年医药营销专业分到人文社科系开设。

2009年硕士开始招生。第一批硕士招生一人，招生方向：药剂学。

2009年9月药物制剂本科开始招生。

硕导招生增至两个方向：药物化学方向

2011年5月药学系升为药学院。

2014年9月新专业药物分析本科开始招生。